To ΔΠΜΣ διοικείται από Διευθυντή και Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών [ΕΠΣ]
Τα μέλη της ΕΠΣ ορίζονται από τις συμμετέχουσες Σχολές. Η ΕΠΣ είναι αρμόδια για την οργάνωση, διοίκηση και διαχείριση του ΔΠΜΣ και ιδίως συγκροτεί επιτροπές αξιολόγησης αιτήσεων υποψηφίων φοιτητών και εγκρίνει την εγγραφή αυτών στο ΔΠΜΣ, αναθέτει διδακτικό έργο στους διδάσκοντες του ΔΠΜΣ, εισηγείται προς τη Σύγκλητο τροποποίηση της απόφασης ίδρυσης του ΔΠΜΣ καθώς και την παράταση διάρκειας του ΔΠΜΣ.